在中文输入法的发展历程中，五笔输入法凭借高效的输入体验占据重要地位，而 98 版与 86 版作为其中的两大主流版本，在编码逻辑上存在显著差异。86 版以 130 个字根为基础，奠定了五笔输入的经典框架，但部分字根布局和取码规则存在与书写习惯不符的细节；98 版则在其基础上升级优化，通过 259 个码元的精细划分、字根位置的合理化调整，让取码更贴合汉字书写规律，如 “面” 字编码从 “DMJD” 简化为 “DL”。同时，98 版减少简码重复、拓展字符覆盖范围（含繁体及大字符集），并优化词组编码，在降低重码率与提升输入效率上更具优势。两者各有侧重，共同构成了五笔输入法的技术演进脉络，为不同需求的用户提供了多样化选择。
字根与码元：
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- 数量不同：86 版五笔选用了 130 个字根，而 98 版五笔采用了 259 个码元。98 版的码元数量更多，对汉字结构的描述更细致。
- 布局调整：98 版对部分字根的位置进行了调整，使其更符合手指按键习惯和汉字书写规律。如 86 版中 “力”“几” 等字根在 “竖” 区，98 版将它们调整到了 “撇” 区；“乃” 从 86 版的 “E” 键改到了 98 版的 “B” 键，“舟” 从 “E” 键改到了 “U” 键。
取码规则：
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- 码元选取侧重：98 版比 86 版选用了更多的 “重心码元” 与 “多笔码元”，取码时可减少对一些码元的拆分，使取码更顺畅。例如 “面” 字，86 版编码为 “DMJD”，98 版为 “DL”，98 版直接取大码元，无需再拆分出其他小码元。
- 笔画顺序调整：98 版改变了一些取笔画码的顺序，使其与汉字的书写顺序更一致，纠正了 86 版中的一些取码错误。如 “凸” 字，86 版编码为 “HGMG”，98 版为 “HGHG”，98 版按笔画书写顺序取码。
简码设置：
- 86 版五笔编码中简码重复现象较多，如 “民主中要这同不为经” 等字有多个级别的简码，浪费了编码位置。98 版对此进行了改进，大幅减少了简码重复现象，让更多汉字能编排上二、三级简码，降低了重码率，有利于提高输入速度。
处理汉字数量：
- 86 版五笔主要处理国标简体中的 6763 个标准汉字。98 版五笔除了能处理这些简体汉字外，还可处理 BIG5 码中的 13053 个繁体字及大字符集中的 21003 个字符，涵盖范围更广。
词组编码：
- 98 版的词组比 86 版多且更合理，在输入词组时，98 版能提供更多选择，更有助于提高整体输入速度。
